La Unidad de Auditoria Interna es el Órgano de Control Interno de la Contraloría, encargado de realizar el examen posterior, objetivo, sistemático y profesional de las actividades administrativas y financieras, con el fin de coadyuvar al mejoramiento continuo del Sistema de Control Interno que se implante en este organismo, así como lograr niveles óptimos de eficacia, eficiencia, economía, calidad e impacto de su gestión y establecer las responsabilidades por la comisión de irregularidades relacionadas con su administración.
Otras funciones principales:
Evaluar el sistema de control interno de la Contraloría, incluyendo el grado de operatividad y eficacia del sistema de administración y de información gerencial, así como el examen de los registros y estados financieros, para determinar su pertinencia y confiabilidad, la evaluación de la eficiencia, eficacia y economía en el marco de las relaciones realizadas.
Evaluar el uso de las asignaciones otorgadas a la Contraloría, a objeto de comprobar el cabal cumplimiento de las normas y disposiciones que regulan su utilización.